Inici arrow Presentaciˇ arrow Breu Hist˛ria
Breu hist˛ria del grup PDF Imprimir Correu
El Grup de Genòmica, Bioinformàtica i Evolució (GGBE) del Departament de Genètica i Microbiologia de la UAB va néixer com a grup independent a finals de 1993, any en que va solicitar i rebre el seu primer projecte de recerca. Durant el temps transcorregut des d’aleshores, s’ha mantingut estable sota la coordinació del Dr. Alfredo Ruiz i amb la natural renovació d’alguns dels seus membres i l’incorporació de nous investigadors. La Junta de Govern de la Universitat Autònoma de Barcelona va aprovar la corresponent autorització de nom específic (ANE) el febrer del 2000. L'any 2005, la Generalitat de Catalunya el va reconèixer al grup com Grup de Recerca amb expedient 2005SGR00892.

El GGBE té en aquest moment 17 membres, on destaquem dos professors funcionaris, A. Ruiz (coordinador) i A. Barbadilla (sots-coordinador o coordinador en formació) i un investigador “Ramon y Cajal” (Isaac Salazar-Ciudad). Durant la seva història, el GGBE ha demostrat una capacitat d’innovació i una progressió en la qualitat de la seva recerca molt notables. Els èxits assolits són fruit de l’esforç i una decidida cerca de l’excel·lència. La línia de recerca inicial sobre el polimorfisme cromosòmic de Drosophila s’emmarcava clarament dins del que podem denominar la genètica de poblacions clàssica. Des d’aquesta posició inicial, el grup ha evolucionat en diverses direccions de gran interès avui en dia i gran projecció futura, com ara la Genòmica i la Bioinformàtica, També ha incorporat nous investigadors amb las seves pròpies línees de recerca.

Així doncs, actualment, el grup compta de tres línies de recerca i de la plataforma BioinfoUAB.

La línia de Genòmica comparada i funcional de Drosophila, busca entendre les causes i conseqüències de les reordenacions cromosòmiques naturals. Treballs previs del Grup GBE, han demostrat que els elements transponibles són responsables de la generació de les inversions cromosòmiques de Drosophila. No obstant, no se sap com de generals són els resultats.
Es precisa analitzar els punts de trencament d'inversions de diferents edats per a comprendre millor la naturalesa i evolució posterior d'aquestes regions. També falta una explicació adequada a la coincidència entre punts de trencament de diferents inversions. La presència en els punts de trencament de "hotspots" per a insercions d'elements transponibles sembla una hipòtesi raonable. És precís, per tant, esbrinar si la coincidència citològica dels punts de trencament implica també coincidència a nivell molecular, i si aquests llocs són "hotspots" per a elements transponibles. També es pretén determinar la freqüència amb què les inversions naturals tenen un efecte sobre l'expressió dels gens adjacents als punts de trencament. Aquesta hipòtesi, coneguda com a "efecte de posició", no ha estat investigada sistemàticament a nivell molecular per cap grup de recerca.
Des del Grup GBE s’ha descobert que un dels gens adjacents a un punt de trencament d'una inversió està silenciat. No obstant, no es tracta d'un efecte directe de la inversió, sinó d'un transposó inserit en el punt de trencament. Donat que els transposons es troben sovint en els punts de trencament, aquest tipus de situacions podrien ser molt més freqüents del que es pensava. Es requereix, en particular, investigar els efectes de posició de les inversions fixades com a diferències interespecífiques. Aquestes inversions podrien deure el seu avantatge adaptatiu als efectes de posició, i potser haver contribuït també al procés d'especiació. El paper de les reorganitzacions cromosòmiques en la generació de biodiversitat s'estudiarà a partir de l'anàlisi filogenètic de grups de lepidòpters amb número cromosòmic excepcionalment variable.

D'altra banda, hi ha la línia de recerca de la Bioinformàtica de la diversitat genètica. La representació, anàlisis i interpretació de la variació nucleotídica i la seva relació amb variants genòmiques, fenotípiques i ambientals son l'objecte d'aquesta recerca. Es vol dur a terme una metanàlisi a gran escala de la diversitat nucleotídica a metazous per a obtenir una descripció dels patrons de variació nucleotídica en un ampli ventall d'espècies i gens. Utilitzarem les potents eines de la bioinformàtica per a fer un estudi estadístic d'associació a gran escala amb diferents factors que engloben característiques taxonòmiques, ecològiques i genòmiques, amb l'objectiu de descobrir factors que juguen un paper determinant en els nivells de variació. En aquest moment d'allau de dades genòmiques, transcriptòmiques i proteiques, aquesta aproximació integradora és molt pertinent i valuosa. En particular, estudiant els patrons de variació a Drosophila, hem descobert que la variació proteica d'un gen ve influïda per la complexitat estructural d'aquest, amb independència de la seqüència específica de la proteïna, de manera que la complexitat estructural és una variable candidata a estudiar. Utilitzarem la potent aproximació que consisteix en l'ús de dades combinat de polimorfisme i divergència. D'aquesta manera es poden detectar molts elements funcionals al llarg del genoma. En un treball recent, hem demostrat l'acció de la selecció purificadora en diferents regions del cromosoma X de Drosophila melanogaster. Per dur a terme aquesta metanàlisi de dades es requereix el desenvolupament d'eines bioinformàtiques que automatitzin l'obtenció de les seqüències, efectuïn les estimes de diversitat i les emmagatzemin.

Finalment, el grup també compta amb la línia de recerca de Biologia Evolutiva del Desenvolupament que estudia l'evolució morfològica desenvolupant teories sobre d’interdependència entre les dinàmiques del desenvolupament i les de l'evolució.

El nostre grup també ha creat la Plataforma de Bioinformàtica de la UAB que potencia tres àmbits d'actuació en l'àrea de la Bioinformàtica: els recursos, la formació i la recerca bioinformàtica, jugant un paper principal com a recurs per a la recerca que realitzen els instituts de recerca dels hospitals associats a la UAB i els grups de recerca de la Universitat.

Històricament, el Grup GBE ha comptat amb la línia de recerca d'Estudi de les papallones dirigida pel Dr. Roger Vila i completada pels investigadors: Vlad Dinca, Gerard Talavera, Margarita Marín i Clàudia Sañudo, sobre la descripció dels patrons de diversitat genètica i morfològica a nivell filogenètic usant les papallones com a model. Actualment aquest grup de recerca està treballant al CSIC.